Im August 1802 besetzten französische Truppen das geistliche Territorium der Abtei Werden. Gemäß dem Reichsdeputationshauptschluss wurde das Kloster 1803 aufgelöst und enteignet. Sämtliche Güter gingen an Preußen. Ein Teil der Ausstattung und des Schatzes blieb in Werden erhalten und ging in den Besitz der Pfarrgemeinde St. Ludgerus über. Andere Kunstwerke hingegen und auch zahlreiche mittelalterliche Handschriften wurden über die ganze Welt verstreut und werden heute beispielsweise in Frankreich, Spanien, Russland aufbewahrt.

Nach Auflösung des Klosters dienten die Gebäude von 1811 bis 1928 als Strafanstalt. Nach 1949 wurde die bereits 1927 gegründete heutige Folkwang Universität der Künste (Kunsthochschule für Musik, Theater, Tanz, Gestaltung und Wissenschaft) in den Gebäuden der Benediktinerabtei untergebracht. Um genügend Platz für die Lehre zu schaffen, wurden die alten Gemäuer in den 1980er Jahren einer umfassenden Sanierung unterzogen. Ziel war es, den ursprünglichen barocken Zustand im Äußeren wieder herzustellen. Bei den Abbruch- und Ausgrabungsarbeiten im Bereich des ehemaligen Kreuzgangs wurden mittelalterliche Fundamente, Reste von Pfeilern und Gewölben gefunden – Reste der einst einflussreichen Abtei.

An der Südostecke des ehemaligen Ostflügels befindet sich seit 1979 die Schatzkammer St. Ludgerus.