Die Abtei Werden wurde um 799 durch den hl. Liudger gegründet. Das Kloster lag im Grenzgebiet zwischen Franken und Sachsen und wurde im Schutz einer bereits bestehenden Ringwallanlage erbaut. Das Gelände wurde von zwei heute unterirdisch fließenden Bächen begrenzt.

Das Kloster wurde durch Liudger zunächst als Eigenkloster seiner Familie auf Eigenbesitz gegründet und bis zum Jahr 886 von dieser geführt. Liudgers Wunsch entsprechend wurde er nach seinem Tod 809 in Werden am locus arboris (Ort des Baumes) östlich der Klosterkirche bestattet. Bereits im 9. Jahrhundert einsetzende Wunderberichte verhalfen der Kirche mit dem Grab des Heiligen und den Liudgeriden hinweg zu großem Ansehen. Bis heute ist die Grabstätte des Abteigründers, der seit 805 auch erster Bischof von Münster war, Zentrum seiner Verehrung und Ziel von Wallfahrten.

Als das Werdener Kloster 877 von König Ludwig III. Schutz und Immunität erlangte, führte dies zu einem völlig neuen Status ­– die Zeit als Reichskloster hatte begonnen. Nach dem Tod Abt Hildigrims II. hatten die Mönche das Recht auf freie Abtswahl. Das Werdener Kloster war verpflichtet, den König oder Kaiser auf Reisen zu beherbergen und auch zu beköstigen. Dieses Privileg hatte nicht nur machtpolitischen, sondern auch materiellen Zuwachs zur Folge. Der Abtei wurde eine Vielzahl von Gütern und Privilegien – Immunität, Zollfreiheit sowie Münz- und Marktrecht – zuteil. Die Äbte nahmen an Krönungen, Reichs- und Hoftagen teil – die Herrscher waren ihnen wohl gesonnen. Die um das Kloster Werden gelegenen Besitzungen bildeten schon früh ein eigenes Territorium. Bereits in der Frühzeit verfügten die Werdener Mönche über eine der bedeutendsten Bibliotheken und eine der besten Schreibschulen des Reiches. Im 13. Jahrhundert nahmen Macht und Einfluss des Klosters allmählich ab. In den Jahrhunderten darauf folgten wirtschaftliche Notlagen, Besetzungen und Plünderungen. Der fortschreitende Niedergang der Abtei wurde 1474 durch die Reform des Klosters durch die Bursfelder Kongregation (Zusammenschluss von Benediktinerklöstern) schließlich abgewendet. Unter Abt Antonius von Grimholt (amt. 1485–1517) erfolgte eine grundlegende Erneuerung und Rückbesinnung auf die Ordensregel des hl. Benedikt, die das Fortbestehen der Abtei sicherte. Fortan war der Konvent nicht allein für Söhne aus edelfreiem Geschlecht (hohem Adel) zugänglich.

Um 1700 begann eine erneute Blütezeit, die durch die Neuausstattung der Abteikirche und die barocken Neubauten der Klosteranlage Ausdruck fand. Mit der Säkularisation 1802 fiel die Abtei und das Territorium der Werdener Abtei an Preußen. Die Abteikirche wurde zur Pfarrkirche.